井戸は人工物であり、孤立しているから、原則的には生物は棲まない。しかし、地下水中にもわずかに特殊な生物が生息しており、それが井戸から見つかる例はある。イドミミズハゼやイドウズムシはそのような経緯で発見されたものである。
石油生産の場合は油井（ゆせい）、天然ガス生産の場合はガス井（ガスせい）と言い、いずれも生産井（せいさんせい）とよぶ場合もある。
地盤沈下抑止や、石油生産を向上させるために、直接帯水層に、水を注入する井戸については、注入井（ちゅうにゅうせい）または涵養井（かんようせい）と言う。
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地すべりを抑止するために、地中から地下水を排水することを目的として、直径4メートル程度の井戸を掘削し、井戸内部からすべり面に向けて、水平に排水用井戸を設置する対策工法がある。これらの井戸を集水井（しゅうすいせい）と呼ぶ。
地下水の水位や水質、地表付近の不飽和土中の地中ガスを観測するために設置する井戸を、特に観測井（かんそくせい）と呼ぶ。